Počátky formování sídelních a návazně i administrativních struktur spadají v obvodu (pozdějšího) Třeboňska do druhé poloviny 13. století – tedy do doby, kdy se poprvé připomíná samotná Třeboň i další opěrné body vítkovské expanze v oblasti (především Lomnice nad Lužnicí a Ledenice), a v pramenech se postupně objevují nejstarší doklady existence jednotlivých vsí. Zprávy z první poloviny 14. století naznačují ustalování obvodů jednotlivých majetkových dílů (panství a zboží). Tak například roku 1339, kdy zboží třeboňské i novohradské náleželo Vilémovi z Landštejna, došlo k vymezení jejich hranic s Vitorazskem.
Od roku 1366, kdy Rožmberkové získali od Jana z Landštejna polovici Třeboně, spolu s několika vesnicemi (např. Jílovice a Kramolín), se třeboňské panství soustavně rozrůstalo. V relativní úplnosti lze sídelní (a administrativní) struktury na Třeboňsku rekonstruovat počínaje druhou polovinou 14. století. Základní prameny z této doby představují především urbáře vyhotovené kolem roku 1380 – urbář třeboňské augustiniánské kanonie, založené Rožmberky roku 1367 (1378) a oddíl věnovaný třeboňskému panství v rámci urbáře rožmberských panství (kolem 1380). Tento pramen dokládá, že třeboňské panství tvořilo 13 vsí (nebo jejich částí), jež do značné míry i do budoucna představovaly stabilní jádro. V průběhu 15.–17. století potom vedle drobných transakcí (koupí i odprodejů) dochází k několika vlnám územní expanze panství, jakkoli pouze zčásti se jednalo o zisky trvalé.
Roku 1424 je v úročním rejstříku paství evidováno již 26 vsí (nárůst souvisel např. se zánikem správního centra Lutová, k třeboňskému panství byly tehdy již přičleněny i Ledenice), zatímco roku 1440 to bylo 76 vsí. Citelný nárůst byl důsledkem změn správních struktur v závěru husitské doby – zániku zboží Dolní Bukovsko a především panství Příběnice. Město s hradem, tvořící správní centrum rožmberských statků na jihozápadním Táborsku, Oldřich II. z Rožmberka ztratil na samém počátku husitské revoluce, a poté, co na základě dohod s Tábory Příběnice po polovině 30. let fakticky zanikají, bylo potřeba vyřešit územněsprávní příslušnost vsí v obvodu někdejšího panství. Po epizodním přičlenění k třeboňskému panství část připadla k panství Choustník – Soběslav a k panství třeboňskému se pouhý díl (znovu) dostává až někdy v průběhu první poloviny 16. století. Zhruba v polovině 40. let 15. století se třeboňské panství rozšířilo o tehdy Oldřichem II. získané zboží Lomnice nad Lužnicí. Tento stav zachycují prameny evidenční povahy z průběhu 15. století – správní provizoria se odrážejí v urbářích ze 30. a 40. let 15. století, trvalé územní rozšíření panství naproti tomu zachycuje urbář z roku 1493. V době kolem roku 1500 dochází k několika drobnějším územním úpravám, týkajícím se majetkových směn a vyrovnání při hranici rožmberského panství Třeboň a krajířovského panství Chlum. Rozsah panství na sklonku středověku odráží urbář z doby kolem roku 1520.
Další dvojí významné rozšíření třeboňského panství spadá do druhé poloviny 16. století – jednak v důsledku sekularizace třeboňské augustiniánské kanonie (1566), jejíž majetky ujal Vilém z Rožmberka jakožto příslušník zakladatelského rodu, a posléze bylo za posledního Rožmberka Petra Voka třeboňské panství rozšířeno o část panství Stráž (nad Nežárkou). Od Jana z Lobkovic je koupil Vilém z Rožmberka (1577) a z roku 1579 máme k dispozici urbář panství. Petr Vok pak strážské panství rozdělil – západní část až po Novou řeku připojil k třeboňskému panství, zbytek prodal Adamovi z Hradce. Sekularizované vsi třeboňského kláštera, stejně jako vsi k Třeboni připojené od Stráže jsou pak zachyceny v urbáři z počátku 17. století (na panství bychom tehdy vedle Třeboně, Veselí, Mezimostí, Lomnice a Ledenic napočítali 66 vsí).
Územní rozsah panství se v budoucnu neztenčil, a nic na tom neměnila pohnutá desetiletí, jež následovala po roce 1611, kdy smrtí posledního Rožmberka Petra Voka skončila stabilní, zhruba 250 let trvající držba panství v rukou jediného držitele (pánů z Rožmberka). Švamberkové jakožto „rožmberští dědici“ měli vyměřen jen krátký čas, po Bílé hoře bylo třeboňské panství (podobně jako ostatní švamberské majetky) konfiskováno a na několik desetiletí se stalo majetkem komorním (1622–1637 a 1645–1651/1660). Již od počátku 50. let jednali o jeho získání Schwarzenbergové, kteří se pak roku 1660 skutečně majiteli panství stali, a zůstali jimi až do novověku. Souběžně s třeboňským panstvím získali Schwarzenbergové i sousední panství hlubocké (1661). A zatímco za Habsburků docházelo k územním změnám v obvodu třeboňského panství jen ojediněle (např. přikoupení Vztuh a Ortvínovic v roce 1633), Schwarzenbergové navázali na starší tradici rozšiřování panství (a to jak třeboňského, tak hlubockého) přikupováním dalších majetkových dílů – již v 70. letech získal Jan Adolf ze Schwarzenbergu statek Bzí s panským sídlem (1672) a Žimutice s farním kostelem (1675/1676). Bylo to pár let předtím, než si buď ještě Jan Adolf, anebo jeho syn (a dědic) Ferdinand Vilém Eusebius nechali zpracovat obrazovou mapu třeboňského panství (1684) – mimochodem, nejnověji získaná zboží na ní nejsou jakožto součást panství vyznačena. Přikupování drobných statků pokračovalo i v dalších desetiletích – tak byly roku 1706 přikoupeny Němčice, roku 1709 Zborov, roku 1729 Hamr a Val.
S pobělohorskou konfiskací třeboňského panství souvisela do značné míry i obnova augustiniánské kanonie, iniciovaná arcivévodou a pozdějším českým králem Ferdinandem (III.) v letech 1630–1631; ji následně provázela i restituce klášterních statků. Lze velmi litovat, že pro oblast třeboňského panství je ztracena příslušná část berní ruly (1654), jež by mohla osvětlit stav panství (světského i duchovního) na sklonku třicetileté války; k dispozici máme až prameny mladší (schwarzenberské urbáře ze druhé poloviny 17. století, a o století mladší katastr tereziánský).
Územní vývoj panství Třeboň (cca 1350–1700)
Autorský návrh Robert Šimůnek, zpracování Jiří Krejčí.